Располагается в единственном в мире действующем Анатомическом театре, здании является уникальным памятником русского классицизма XIX века ( 1837 г., архитектор академик М.П. Коринфский при самом непосредственном участии ректора Императорского Казанского университета Н.И. Лобачевского). Построено специально по образу Анатомических театров эпохи Возрождения для проведения анатомических вскрытий, изучения анатомии и распространения анатомических знаний.
Коллекция: тератологическая — уродцы (1806 г.), препараты голландского анатома Рюиша (1837 г.), препараты французской фирмы Tramond, Paris (XIX в.), мумии (XIX в.), уникальная краниологическая коллекция (XIX в.), коллекция скелетов (XIX в.) и т.д.
Музей был открыт в 1837 г. В настоящее время его экспозиция включает в себя 6 разделов: «О человеке в деталях. Взгляд через века» , «Жизнь тела после смерти», «Как я устроен», «От зачатья до рождения», «Чем я отличаюсь от животных», «Прав ли Дарвин?», «Человек XXI века».
В музее представлены препараты, изготовленные различными способами бальзамирования — от мумии XVI в. до современного метода полимерного бальзамирования, а также уникальная антропологическая коллекция черепов и скелетов.
